この計画による地域生活や周辺環境への悪影響を懸念した住民は、石垣市や沖縄県に対して計画の問題点を指摘し、計画を変更するような指導を求めた。また、地域の意見集約と効果的な意思表示を実現するために「白保リゾートホテル問題連絡協議会」を組織して沖縄県に対して開発許可を出さないように署名を集め、要望書とともに提出するなどの働きかけを開始した。ホテルからの排水が白保海域の貴重なサンゴ礁生態系に重大な悪影響を与える懸念が指摘されていたため、WWFジャパン（世界自然保護基金）やNACSJ（日本自然保護協会）からは、ホテル建設計画に対して開発許可を出さないように意見書が提出された。

　しかし、２０１８年３月、沖縄県から開発許可が出されたため、同年９月、住民の中からサンゴ鑑賞ツアーを行っているエコツアー事業者と漁業者計７名がホテル建築工事の差止を求めて開発事業者Y₁を提訴した。（提訴後の同年１０月、Y₁の親会社であるY₂がY₁を吸収合併し、Y₁は消滅。Y₂が地位を承継。）

 

　訴訟は、２０２０年３月、実質的な審理に入る前に原告の請求を却下する判決が出て、形式的には原告が敗訴して終了した。しかし、被告であるY₂が開発許可を受けた計画は、本来、原則禁止とされている汚水の地下浸透処理を例外的に実施するために必要な土壌の要件を備えていない事実を原告側が指摘した結果、開発許可を受けた計画は、そのままでは建築確認が受けられず、排水計画を変更しなければならないことが判決に示されている。

　排水計画の変更は「開発許可の変更許可」が必要であり、訴訟の結果、事実上開発計画は中断してしまったため、実質的に原告の請求が実現され、勝利するというめずらしい結果となった。ただし、開発許可が取り消されたわけではないため、リゾートホテル建設計画はいまだに存続している。今後、計画が変更され、「開発許可の変更許可」が申請された場合には、市条例に基づいて住民説明会などが実施されることになるが、地域の同意に基づかない計画で同じ争いの経過をたどらないことを願いたい。